לאחר ניתוח סקר תחבורה רחב שהופץ במועצה, בו נבדקו צרכים שונים של התושבות והתושבים, נבנתה תכנית תחבורה גמישה לעמק, שכללה בין היתר פיילוט של נסיעות תחבורה גמישות (קווי לילה וקווי חפר).

קווי חפר, חמישה קווים שיצאו הלוך וחזור מנקודות שונות בעמק לתחנות הרכבת בנתניה, חדרה ותל אביב - הם התגשמות חזון משמעותי של המועצה; מתן שירות שיסייע לתושבים בכל הגילים להגיע אל יעדיהם ללא חיפושי חנייה - במהירות, ביעילות ובקלות.
זאת, תוך תרומה לצמצום השימוש ברכב פרטי וזיהום האוויר הנגרם ממנו. בימים אלה מקודם השלב הבא של הפרויקט במסגרתו תופעל תחבורה גמישה בכל מרחב המועצה, כאשר יתאפשר להגיע מכל נקודה אל כל נקודה ברחבי עמק חפר, ואל תחנת הרכבת בנתניה ובחדרה. הפרויקט מתוכנן לצאת לפועל במחצית הראשונה של 2021.